これまで、国の基本的な情報は2万5000分1地形図や電子地形図25000等として刊行され、「地理院地図」のサイトでも公開されていた。しかし、等高線を用いた平面状の地図で地形を理解するのは難しかった。そこで地理院地図3Dでは、地理院地図で配信している地図データ（地理院タイル）と標高データ（標高タイル）を利用して3Dの地図を作り、これを好きな方向から見ることができるため、地形を直感的に把握できるという。

使用法も簡単で地図で場所を探し、「この地図を3Dで表示」ボタンを押すだけで、詳細な3D地図が表示される。画面下部に表示されるURLを使って、メールで送ったり、ツイッターやブログなどに載せたりもできる。さらに、「3Dデータをダウンロードする」ボタンから、3Dプリンタ用のデータ（STL、VRML）をダウンロードすることができる。

このサイトの構築には、3Dデータを活用する会（3D-GAN）が協力している。