Papilio DUOに搭載されているのはArduino Leonardが使用している「ATmega32U4」と、ザイリンクスのFPGA「Spartan-6 LX-9」だ。ハードウェアは完全なオープンソースとなっている。

Arduinoが簡略化されたC++言語でプログラミングができるように、Papilio DUOは付属のソフトウェア「Papilio DesignLab」を使ってドラッグ＆ドロップで回路を簡単に設計することができる。Papilio DesignLabはLinuxとWindowsで動作する。