NinjaPCRはWi-Fi対応で、接続したPCやスマートフォンのWebブラウザを使ってコントロールできる。初期設定および操作方法も、組み立て方と同様、専用Webサイトに細かく説明されている。対応するWebブラウザは、Safari、Google ChromeおよびFirefox。ただし、Androidの場合は専用アプリケーション「NinjaPCR WiFi」を使う。NinjaPCRは、高度な熱シミュレーションによりサンプル温度の調整を行うことで、正確な増幅能を実現している。

NinjaPCRはGNU GPL 3.0に基づくオープンソースハードウェア。3Dモデル、基板設計データ、ソースコード、レーザーカットデータなどはGitHubに公開されている。

NinjaPCRの価格は9万720円（税込）。リバネスのECサイトで購入できる。保証期間は購入日から3カ月。それ以降は有償での部品交換になる。