開発者のKenan O'Keefe氏はCarnegie Mellon大学大学院に在学中に、高機能な3D CADは非常に高価で、一方無料の3Dツールはあまりにも原始的であったことから、高機能な無料の3D CADを作ろうと思い立ち、学生生活最後の3カ月間、Honeycombの開発に没頭したという。

Honeycombは、Webブラウザで3Dコンピュータグラフィックスを扱うための標準仕様であるWebGLに準拠しており、WebGL対応ブラウザ（Chrome 8以降、FireFox 4以降、Internet Explorer 11、Safari 5.1以降など）で動作する。

CADデータは無料のクラウドサービスに保存され、3DプリントサービスShapewaysや3DデータダウンロードサービスThingiverseへのデータエクスポートもできるとしている。