MaBeee-Desktopは、MaBeeeをセットした製品の乾電池出力をBluetooth経由で制御できるアプリケーションだ。また、教育用プログラミング用ソフト「Scratch」にも対応し、Scratchの視覚的なオブジェクトを用いてプログラミングし、MaBeeeをコントロールすることもできる。

MaBeee-Desktopのセットアップには、MaBeee本体とBluetooth4.1の接続が可能なパソコン（Windows／Mac）が必要だ。それぞれ「Microsoft Store」「Mac App Store」経由で「MaBeee-Desktopアプリ」をダウンロードできる。

「MaBeee-Desktop」が対応するScratchのバージョンや、対応機種の詳細条件は、各ストア内を参照とのこと。なお、機能限定の評価版（無料、機能制限有）もリリースされ、評価版については、ノバルス公式サイトからダウンロードできる。