Meshmixer 3.0から、「Complex」オブジェクトを生成できるようになった。オブジェクトのサーフェスを指定して、指定した領域だけを作業できるようになる。「Complex」オブジェクトの分割やエクスポートなどの機能も追加された。これらの機能を利用することで、複数の素材を使った3Dプリント用のオブジェクトを、従来よりも簡単にデザインできるようになるという。

それ以外にも、3Dのメッシュを自動整列してくれる「Align to Target」機能、レーザーカットやCNC用にオブジェクトのサーフェスを展開する「Unwrap」ツール、SVG形式のエクスポート機能、メッシュのプロパティを視覚化する「Mesh Query」ツールなどが加えられた。